Enstitüler, lisansüstü programları yönetir. Bilkent Üniversitesi’nde 51 lisansüstü program vardır.
Eğitim Bilimleri Enstitüsü
Direktör: Alipaşa Ayas
Tel: 0 312 290 2950 – 51
E-posta: gse@bilkent.edu.tr
Ekonomi ve Sosyal Bilimler Enstitüsü
Direktör: Refet Gürkaynak
Tel: 0 312 290 2226
E-posta: esbe@bilkent.edu.tr
Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
Direktör: Orhan Arıkan
Tel: 0 312 266 4133
E-posta: mfbe@bilkent.edu.tr