Bilkent Üniversitesi yönetim politikasını, eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetlerinin iç ve dış paydaşlarının ihtiyaçları ve beklentileri doğrultusunda, belirlenen yasal çerçeveler içerisinde, insan ve alt yapı kaynaklarının en etkin şekilde kullanılarak yürütülmesi amacıyla tasarlamış ve sürekliliğini sağlamıştır.
Üniversiteyi Mütevelli Heyeti temsil eder; bu heyet en üst karar makamıdır. Yürütme organının başı ise Rektör’dür. Rektör, her yıl belirli bir tarihte, üniversitenin o anki durumunu çalışanlarına anlattığı bir toplantı düzenlemektedir. Rektör, Rektör Yardımcıları ve Akademik İşler Rektör Yardımcılarından oluşan üst yönetim, Mütevelli Heyeti’ne karşı yürütmeden sorumludur. Üst yönetim kolay ulaşılabilir durumda olup akademik ve idari personelin üst yönetime ulaşabileceği farklı kanallar bulunmaktadır.
Bilkent Üniversitesi, tüm faaliyetlerinin yönetimini gerek kendi bünyesinde geliştirdiği gerekse dışarıdan alımlar yaparak hizmet sağladığı yazılımlar ile sağlamaktadır. Sahip olduğu güçlü veri tabanı sayesinde ise yönetim performansını sürekli geliştirmesine katkı sağlayacak verilere her an ulaşabilmektedir.
Üniversite, aynı zamanda idari ve mali özerkliğe sahiptir. Finansal öncelikleri arasında eğitim-öğretim ve araştırma-geliştirme faaliyetlerinin desteklenmesi ve giderlerinin karşılanması olup, yönetim sistemi açısından şeffaf bir yaklaşım sergilediği için hesap verilebilirlik konusunda iç ve dış paydaşlarına her zaman açık olmuştur.