Enstitüler, lisansüstü programları yönetir. Bilkent Üniversitesi’nde 59 lisansüstü program vardır.
Eğitim Bilimleri Enstitüsü
Direktör: Alipaşa Ayas
Tel: 0 312 290 2950 – 51
E-posta: gse@bilkent.edu.tr
Ekonomi ve Sosyal Bilimler Enstitüsü
Direktör: Özgür Özdamar
Tel: 0 312 290 2226
E-posta: esbe@bilkent.edu.tr
Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
Direktör: Nail Akar
Tel: 0 312 266 4133
E-posta: mfbe@bilkent.edu.tr